Con un documento, difundido el día anterior al último trámite legislativo, el Consejo permanente de la Conferencia Episcopal de Uruguay había intentado poner luz sobre «la confusión que se ha creado en varios sectores de la sociedad sobre los valores" que están en la raíz de la familia y «sobre los efectos» de la ley. Incluso reconociendo «la buena voluntad y el intento de los legisladores de buscar una mayor justicia", la ley sobre el "matrimonio igualitario" es definida «un retroceso en el ordenamiento jurídico para la fundación, el respeto y la defensa de la institución familiar, que está en la base constitucional de la sociedad, el núcleo del amor y de la solidaridad recíproca». La protección de los derechos de las parejas homosexuales habría sido ya regulada a través de la tutela de las "uniones civiles", sin la asimilación al matrimonio. «Llamar del mismo modo realidades diversas, con el prtexto de la igualdad, no es justicia, sino una asimilación inconsistente que no hará más que debilitar el matrimonio aún más de lo que está. Constatar una diferencia real no es discriminar. Pretender "igualar" todo y todos, sin tener en cuenta la realidad y los principios éticos y morales que rigen la familia significa masificar y despersonalizar», se lee en el documento "Defendiendo la familia y el matrimonio, ganamos todos", del Consejo permanente.

Un diputado uruguayo, Gerardo Amarilla, ha dicho que la nueva norma «devalúa y desnaturaliza la institución del matrimonio, con un impacto exponencial sobre la sociedad y la familia, sobre todo sobre la procreación».

«Al querer llamar "matrimonio" a las uniones entre personas del mismo sexo, se advierte la subyacente voluntad de abatir una estructura arraigada en nuestra sociedad», había dicho mons. Pablo Galimberti, obispo de Salto, con motivo de la manifestación en defensa del matrimonio entre un hombre y una mujer que se celebró el lunes 8 de abril, en la céntrica Plaza Matriz de Montevideo, organizada por los movimientos contrarios a la reforma legislativa, reunidos en la "Mesa nacional en Defensa y Promoción de la Familia", en protesta contra «el lampante golpe que el Estado asesta a la institución matrimonial y a los más débiles, los niños». El comité de coordinación del movimiento había lanzado la alarma, sin se rescuchado, sobre el reconocimiento legal a la adopción y a la fecundación en vitro por las parejas del mismo sexo, incluso en condiciones favorables con respecto a las parejas tradicionales, signo de la «progresiva degradación de una cultura que no respeta el derecho a la vida, que ha legalizado el aborto, que no reconoce el valor de la educación a los hijos impartida por los padres y que se muestra indiferente ante las dificultades de las familias pobres y numerosas». De hecho, como ha denunciado el documento del Consejo permanente d elos Obispos, «existe el riesgo de que el niño se transforme en un objeto, sin tener en cuenta que debe prevalecer el interés del niño de crecer, cuando sea posible, con una clara referencia materna y paterna».

Según los Obispos de Uruguay, esta ley sigue «modelos que proceden del exterior, sin el necesario análisis antropológico y sin profundizar en las consecuencias que los cambios legales comportan para la entera sociedad uruguaya sobre el tema de la familia". Los prelados han concluido el documento recordando lo que escribió, el 22 de junio de 2010, el cardenal arzobispo Jorge Mario Bergoglio a las monjas carmelitas en Buenos Aires, pocas semanas antes de la aprobación en Argentina de la ley sobre el matrimonio homosexual en Argentina: Está en juego la identidad y la supervivencia de la familia: padre, madre e hijos. Está en juego la vida de muchos niños que serán discriminados de partida y privados de la maduración humana que Dios ha querido que venga con un padre y una madre. Está en juego el rechazo total de la ley de Dios, inserta en nuestros corazones».